設立：平成17年4月1日

平成１７年４月１日に旧上越市と安塚町、浦川原村、大島村、牧村、柿崎町、大潟町、吉川町、頸城村、中郷村、板倉町、清里村、三和村、名立町の１４市町村が合併をして、上越市が誕生しました。
それにともない、ＰＴＡ組織の上越市小・中学校ＰＴＡ連合会、中頸城郡ＰＴＡ連絡協議会、東頸城郡ＰＴＡ連絡協議会、西頸城郡ＰＴＡ連絡協議会がそれぞれに解散をし、新たに小学校５５校、中学校２３校の計７８校で上越市小中学校ＰＴＡ連絡協議会を設立しました。
　平成２１年度より、直江津中等教育学校が加わり、小学校５５校、中学校２４校の計７９校となりました。

事務局は設立時に上越市市民プラザ内にありましたが、平成１９年４月に上越市教育プラザ内に移転しました。平成２４年度より上越市子ども会連絡協議会と相部屋になりました。